Analisis diversidad aves robledal

Preparar datos

Quitamos los que no son dispersantes
Datos desde 2010 hasta 2017

Análisis de la diversidad por sitio

Calculamos la diversidad por sitio para cada año
Analizamos si existen diferencias para la diversidad entre sitios (Kruskal-Wallis) y hacemos comparaciones entre sitios (Dunn test)

Characteristic	CAM, N = 7¹	GEN, N = 8¹	DIL, N = 8¹	CAN, N = 8¹
Diversidad	2.66 ± 0.05 (2.46, 2.81)	2.82 ± 0.06 (2.66, 3.13)	2.85 ± 0.04 (2.71, 3.07)	1.94 ± 0.11 (1.44, 2.22)
¹ Statistics presented: mean ± se (minimum, maximum)

Analisis ANOVA no parametrico (KW) y multiple comparison (Wilcox-Test)

Existen varias aproximaciones, para las comparacioens post hoc. Me decido por Wilcoxon test (ver esto). Utilizamos la corrección “holm”.

kruskal.test(value ~ loc, data = diversidad)


    Kruskal-Wallis rank sum test

data:  value by loc
Kruskal-Wallis chi-squared = 21.128, df = 3, p-value = 9.903e-05

.y.	group1	group2	p	p.adj	p.format	p.signif	method
value	CAM	GEN	0.0379176	0.07600	0.03792		Wilcoxon
value	CAM	DIL	0.0069930	0.02100	0.00699	**	Wilcoxon
value	CAM	CAN	0.0018648	0.00750	0.00186	**	Wilcoxon
value	GEN	DIL	0.5053613	0.51000	0.50536	ns	Wilcoxon
value	GEN	CAN	0.0001554	0.00093	0.00016	***	Wilcoxon
value	DIL	CAN	0.0001554	0.00093	0.00016	***	Wilcoxon

Análisis de la abundancia total

Calculamos la abundancia total (ind/10 ha) por sitio para cada año
Analizamos si existen diferencias para la abundancia total entre sitios (Kruskal-Wallis) y hacemos comparaciones entre sitios (Dunn test)

Characteristic	CAM, N = 7¹	GEN, N = 8¹	DIL, N = 8¹	CAN, N = 8¹
Densidad	221.52 ± 26.35 (139.74, 348.28)	185.39 ± 19.32 (114.97, 267.07)	263.85 ± 25.89 (151.95, 395.14)	263.05 ± 32.75 (83.71, 364.17)
¹ Statistics presented: mean ± se (minimum, maximum)

kruskal.test(ab_ha_total ~ loc, data = densidad_total)


    Kruskal-Wallis rank sum test

data:  ab_ha_total by loc
Kruskal-Wallis chi-squared = 6.7528, df = 3, p-value = 0.08021

.y.	group1	group2	p	p.adj	p.format	p.signif	method
ab_ha_total	CAM	GEN	0.5737374	1.00	0.574	ns	Wilcoxon
ab_ha_total	CAM	DIL	0.1303807	0.52	0.130	ns	Wilcoxon
ab_ha_total	CAM	CAN	0.1948718	0.58	0.195	ns	Wilcoxon
ab_ha_total	GEN	DIL	0.0379176	0.23	0.038		Wilcoxon
ab_ha_total	GEN	CAN	0.0498834	0.25	0.050		Wilcoxon
ab_ha_total	DIL	CAN	0.8784771	1.00	0.878	ns	Wilcoxon

Riqueza total

loc	n
CAM	55
CAN	48
DIL	58
GEN	59

Indice de dominancia de Simpson

Calculamos lel índice de dominancia de simpson por sitio para cada año
Analizamos si existen diferencias para este indice entre sitios (Kruskal-Wallis) y hacemos comparaciones entre sitios (Dunn test)

Characteristic	CAM, N = 7¹	GEN, N = 8¹	DIL, N = 8¹	CAN, N = 8¹
simpson	0.10 ± 0.01 (0.08, 0.15)	0.10 ± 0.01 (0.06, 0.14)	0.08 ± 0.00 (0.07, 0.08)	0.28 ± 0.03 (0.22, 0.44)
¹ Statistics presented: mean ± se (minimum, maximum)

kruskal.test(value ~ loc, data = simpson)


    Kruskal-Wallis rank sum test

data:  value by loc
Kruskal-Wallis chi-squared = 23.753, df = 3, p-value = 2.813e-05

.y.	group1	group2	p	p.adj	p.format	p.signif	method
value	CAM	GEN	0.5737374	0.57000	0.57374	ns	Wilcoxon
value	CAM	DIL	0.0003108	0.00093	0.00031	***	Wilcoxon
value	CAM	CAN	0.0001554	0.00093	0.00016	***	Wilcoxon
value	GEN	DIL	0.0206682	0.04100	0.02067		Wilcoxon
value	GEN	CAN	0.0001554	0.00093	0.00016	***	Wilcoxon
value	DIL	CAN	0.0001554	0.00093	0.00016	***	Wilcoxon

Indices de disimilaridad

Computamos el índice de disimilaridad de Jaccard (ja) y de Morisita-Horn (ma).

Analizar diferencias para cada especie entre sitios

Primero analizamos cuantas especies están presentes en mas de un sitio

Del total de 73 analizadas encontramos que hay 8 especies que están presentes solo en un sitio.

A continuación se muestran los datos de abundancia (\(\text{n ind} \cdot ha^{-1} \cdot 10\)). Para cada especie se muestran los valores medios (con su error estandar) para cada población. Además se analiza para cada especie si existen diferencias entre las poblaciones (Kruskal Wallis) y posteriormente se analizan diferencias entre sitios (comparaciones múltiples, posthoc, usando test no paramétricos de Wilcoxon). Las diferentes letras indican para una especie diferencias entre localidades.