Analisis diversidad aves robledal

Preparar datos

  • Quitamos los que no son dispersantes
  • Datos desde 2010 hasta 2017

Análisis de la diversidad por sitio

  • Calculamos la diversidad por sitio para cada año
  • Analizamos si existen diferencias para la diversidad entre sitios (Kruskal-Wallis) y hacemos comparaciones entre sitios (Dunn test)
Characteristic CAM, N = 71 GEN, N = 81 DIL, N = 81 CAN, N = 81
Diversidad 2.66 ± 0.05 (2.46, 2.81) 2.82 ± 0.06 (2.66, 3.13) 2.85 ± 0.04 (2.71, 3.07) 1.94 ± 0.11 (1.44, 2.22)

1 Statistics presented: mean ± se (minimum, maximum)

Analisis ANOVA no parametrico (KW) y multiple comparison (Wilcox-Test)

Existen varias aproximaciones, para las comparacioens post hoc. Me decido por Wilcoxon test (ver esto). Utilizamos la corrección “holm”.

kruskal.test(value ~ loc, data = diversidad)

    Kruskal-Wallis rank sum test

data:  value by loc
Kruskal-Wallis chi-squared = 21.128, df = 3, p-value = 9.903e-05
.y. group1 group2 p p.adj p.format p.signif method
value CAM GEN 0.0379176 0.07600 0.03792
Wilcoxon
value CAM DIL 0.0069930 0.02100 0.00699 ** Wilcoxon
value CAM CAN 0.0018648 0.00750 0.00186 ** Wilcoxon
value GEN DIL 0.5053613 0.51000 0.50536 ns Wilcoxon
value GEN CAN 0.0001554 0.00093 0.00016 *** Wilcoxon
value DIL CAN 0.0001554 0.00093 0.00016 *** Wilcoxon

Análisis de la abundancia total

  • Calculamos la abundancia total (ind/10 ha) por sitio para cada año
  • Analizamos si existen diferencias para la abundancia total entre sitios (Kruskal-Wallis) y hacemos comparaciones entre sitios (Dunn test)
Characteristic CAM, N = 71 GEN, N = 81 DIL, N = 81 CAN, N = 81
Densidad 221.52 ± 26.35 (139.74, 348.28) 185.39 ± 19.32 (114.97, 267.07) 263.85 ± 25.89 (151.95, 395.14) 263.05 ± 32.75 (83.71, 364.17)

1 Statistics presented: mean ± se (minimum, maximum)

kruskal.test(ab_ha_total ~ loc, data = densidad_total)

    Kruskal-Wallis rank sum test

data:  ab_ha_total by loc
Kruskal-Wallis chi-squared = 6.7528, df = 3, p-value = 0.08021
.y. group1 group2 p p.adj p.format p.signif method
ab_ha_total CAM GEN 0.5737374 1.00 0.574 ns Wilcoxon
ab_ha_total CAM DIL 0.1303807 0.52 0.130 ns Wilcoxon
ab_ha_total CAM CAN 0.1948718 0.58 0.195 ns Wilcoxon
ab_ha_total GEN DIL 0.0379176 0.23 0.038
Wilcoxon
ab_ha_total GEN CAN 0.0498834 0.25 0.050
Wilcoxon
ab_ha_total DIL CAN 0.8784771 1.00 0.878 ns Wilcoxon

Riqueza total

loc n
CAM 55
CAN 48
DIL 58
GEN 59

Indice de dominancia de Simpson

  • Calculamos lel índice de dominancia de simpson por sitio para cada año
  • Analizamos si existen diferencias para este indice entre sitios (Kruskal-Wallis) y hacemos comparaciones entre sitios (Dunn test)
Characteristic CAM, N = 71 GEN, N = 81 DIL, N = 81 CAN, N = 81
simpson 0.10 ± 0.01 (0.08, 0.15) 0.10 ± 0.01 (0.06, 0.14) 0.08 ± 0.00 (0.07, 0.08) 0.28 ± 0.03 (0.22, 0.44)

1 Statistics presented: mean ± se (minimum, maximum)

kruskal.test(value ~ loc, data = simpson)

    Kruskal-Wallis rank sum test

data:  value by loc
Kruskal-Wallis chi-squared = 23.753, df = 3, p-value = 2.813e-05
.y. group1 group2 p p.adj p.format p.signif method
value CAM GEN 0.5737374 0.57000 0.57374 ns Wilcoxon
value CAM DIL 0.0003108 0.00093 0.00031 *** Wilcoxon
value CAM CAN 0.0001554 0.00093 0.00016 *** Wilcoxon
value GEN DIL 0.0206682 0.04100 0.02067
Wilcoxon
value GEN CAN 0.0001554 0.00093 0.00016 *** Wilcoxon
value DIL CAN 0.0001554 0.00093 0.00016 *** Wilcoxon

Indices de disimilaridad

  • Computamos el índice de disimilaridad de Jaccard (ja) y de Morisita-Horn (ma).

Analizar diferencias para cada especie entre sitios

Primero analizamos cuantas especies están presentes en mas de un sitio

Del total de 73 analizadas encontramos que hay 8 especies que están presentes solo en un sitio.

A continuación se muestran los datos de abundancia (\(\text{n ind} \cdot ha^{-1} \cdot 10\)). Para cada especie se muestran los valores medios (con su error estandar) para cada población. Además se analiza para cada especie si existen diferencias entre las poblaciones (Kruskal Wallis) y posteriormente se analizan diferencias entre sitios (comparaciones múltiples, posthoc, usando test no paramétricos de Wilcoxon). Las diferentes letras indican para una especie diferencias entre localidades.